Johanneskyrkans församling ingår i trossamfundet Equmeniakyrkan.
Tidigare var Johanneskyrkan en sammanslagning av Åtvidabergs Baptistförsamling och Åtvidabergs Missionsförsamling. Mer om sammanslagningen till Equmeniakyrkan kan man läsa på Equmeniakyrkans webbsida.
Johanneskyrkan som tidigare hette Missionskyrkan byggdes år 1907. Den ritades av Isac Gustaf Clason, en på den tiden namnkunnig arkitekt. Nordiska Museet, Hallwylska palatset och Adelsnäs slott är några av hans mera kända verk.
Nästan nittio år senare visar det sig att lokalerna har blivit för små för det stora barn och ungdomsarbete församlingen har. Beslut om tillbyggnad tas och den 9 Februari 1997, nittio år sedan kyrkan uppfördes, återinvigs kyrkan med pompa och ståt. Nya ändamålsenliga lokaler står färdiga att tas i bruk och den gamla delen av kyrkan har fräschats upp.
